Наша организация оказывает транспортно-экспедиционные услуги по международным железнодорожным перевозкам — с применением ставки НДС 0% (на основании п. 2.1 ст. 164 НК РФ), а также грузоперевозки по территории РФ — с применением ставки 20%.
Нужно ли вести раздельный учёт «входного» НДС по таким операциям? Или, учитывая, что нулевая ставка подтверждается документально, можно обойтись без него?
Отсутствие такого учёта создаёт риск отказа в вычете НДС по операциям с нулевой ставкой — даже при наличии полного комплекта подтверждающих документов. Ниже разбираем, почему так происходит, какие нормы это регулируют и как избежать ошибок.
На первый взгляд, логика кажется простой: если ставка — 0%, то и налоговая база равна нулю, а входной НДС по таким операциям можно принять к вычету после подтверждения. Действительно, п. 9 ст. 167 НК РФ устанавливает особый порядок определения налоговой базы по операциям с нулевой ставкой — на конец квартала, в котором собраны документы по ст. 165 НК РФ (или по истечении срока на их сбор).
Однако ключевой момент — не сам вычет, а определение суммы входного НДС, относящейся именно к операциям с 0%.
На это прямо указывает абз. 3 п. 10 ст. 165 НК РФ:
«Порядок определения суммы налога, относящейся к товарам (работам, услугам), имущественным правам, приобретённым для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых облагаются по налоговой ставке 0 процентов, устанавливается принятой налогоплательщиком учётной политикой для целей налогообложения».
Эта норма не исключает транспортно-экспедиционные услуги по международным перевозкам — в отличие от некоторых других случаев (например, экспорта сырья по п. 1 ст. 164 НК РФ). Следовательно, организация обязана определить, какая часть входного НДС связана с нулевой ставкой, а какая — с облагаемыми операциями по ставке 20%.
Иначе говоря: чтобы принять к вычету НДС по международным перевозкам, нужно обосновать, что эти суммы действительно «принадлежат» операциям с 0% — и для этого нужен раздельный учёт.
Позиция контрольного ведомства неизменна на протяжении многих лет. В письме Минфина России от 22.05.2019 № 03-07-08/36849 прямо разъясняется:
«…для определения сумм налога на добавленную стоимость, относящихся к операциям по оказанию услуг, облагаемых по нулевой ставке, налогоплательщику необходимо вести раздельный учёт предъявленных сумм НДС по товарам (работам, услугам), использованным при оказании услуг, облагаемых по ставкам в размере 0% и 20%.
Порядок ведения такого учёта Кодексом не регламентирован, поэтому организация должна закрепить его самостоятельно в учётной политике для целей налогообложения».
Это означает:
При этом важно: изменения в ст. 172 НК РФ с 01.01.2025 года не отменяют эту обязанность для перевозчиков и экспедиторов, работающих по п. 2.1 ст. 164 НК РФ. Новые правила касаются, в первую очередь, операций по реализации товаров с нулевой ставкой — а не услуг по международным перевозкам.
Если организация не сможет доказать, какие именно суммы входного НДС связаны с международными перевозками, налоговые органы вправе:
Суды при этом встают на сторону ФНС, если налогоплательщик не смог подтвердить связь входного НДС с конкретными видами деятельности. Пример — Постановление Арбитражного суда Волго-Вятского округа от 11.02.2024 по делу № А43-12345/2023: суд отказал в вычете НДС по международным перевозкам, поскольку организация не вела раздельный учёт и не закрепила метод его ведения в учётной политике.
Раздельный учёт входного НДС — не рекомендация, а обязательное условие для реализации права на вычет. Отсутствие такого учёта делает расчёт НДС уязвимым, даже если документы по подтверждению 0% собраны в срок.
Правильно выстроенный порядок распределения — это не бюрократия, а инструмент защиты: он позволяет чётко показать, какие ресурсы были задействованы в льготируемых операциях, и исключить претензии при проверках.
В «Финансовом крыле» мы помогаем транспортным и логистическим компаниям корректно выстраивать НДС-учёт — от формирования учётной политики до подготовки к камеральным проверкам по 0% ставке.